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    目前，學術界廣泛關注科研投入及科研經費使用問題，其中，既有全面清醒客觀的認識，也有片面糊涂主觀的想法。這些問題可以歸結為十大矛盾。本文試圖澄清是非，提出相應的化解對策與思路。
 
    一是科研投入方向上重視科學規劃與輕視自由探索的矛盾。愛因斯坦認為：偉大的科學成就并不是通過組織和計劃取得的。科學研究具有探索性、不確定性和首創性等重要特性，具體科學規劃不容易做得準確無誤，“有心栽花花不開，無意插柳柳成蔭”現象的確存在。重大的科學研究發現，往往具有偶然性。國家科研發展規劃不能覆蓋所有領域，應允許并鼓勵自由探索，以彌補科學規劃不周造成的錯漏。
 
     二是科研資源分配上“源”過度集中與適度分散的矛盾。科技管理部門分工不清，各類科技計劃名目繁多、定位趨同，有限科技資源分散重復配置、效率不高。科技部有科技支撐計劃、“973”計劃和“863”計劃，中科院有知識創新工程，國家發改委、教育部、工程院和自然科學基金委也都有各自的科技計劃。科研項目分散在不同部門，由于馬太效應，各部門對知名研究機構及科研人員“搶著給錢”，資源就過分集中在少數機構少數人手里。
 
    對PI （Principle Investigator，學術帶頭人）的過度資助與對大量一般科研人員的資助不足同時存在。對于多渠道申請，出現一篇文章應付多個項目交差的現象應具體分析，一種情況是科研人員從一個渠道得到的經費不足以支撐科研任務的完成；一種情況是科研人員出于自身或單位的利益驅動，“韓信點兵，多多益善”。成立國家科學基金委員會統籌各類繁雜項目的建議也值得考慮。實踐證明，科研資源過度集中的效果并不突出，基于自由探索的國家自然科學基金委的運行得到學界普遍肯定。應減少重大、重點項目，杜絕捆綁式、“拉郎配”的“偽大科學”，增加自由探索的面上項目，使國家科研經費的陽光能夠普照顧及更多科研人員。
 
    三是科研投入總量與投入結構的矛盾。近年來，R&D（研究與開發）總經費增長年均速度為20%以上，遠遠超過同時期GDP的增長速度。但這種增長似乎對中國的科學研究沒有起到應有的推進作用。因此，在投入結構上存在一定問題，該投入的沒有投入或投入過少。比如R&D投入在基礎研究、應用研究和開發三方面沒有實現合理的比例分配，基礎研究投入偏低，約占R&D的6%。在保住投入總量的同時，應改善投資結構，把國家有限資金用在刀刃上。
 
    四是科技投入比例上競爭性經費過高與保障性經費過低的矛盾。據財政部教科文司的統計，中央級科研經費中競爭性經費的比例一度達到接近80%的比例。由于保障性經費投入不足，大部分科學家都被迫投入大量的時間和精力去參加各種項目競爭，科研工作本身的時間和精力逐步被壓縮。科學家自嘲為銷售員，通過講故事來包裝項目。由于會議太多，“不是在開會，就是在開會路上”，由于事務繁雜，成為“兼職科學家”、“雙休日科學家”。應適度提高保障性經費，降低競爭性經費，保證科研人員投入的時間和精力。上個世紀五六十年代，我國科學家的研究工作時間長期得不到保證成為突出問題。1956年中共中央提出要保證科學家5/6的工作時間。最近，中科院提出保障科研人員80%時間用于科研工作。建立適合基礎研究特點的長期穩定資助模式，如采用年薪制，為科研人員潛心從事研究提供基本保障。
 
    五是效益上的科研投入與產出不成比例的矛盾。科研的投入與產出并不正相關。既有投入大產出少的情況，也有投入少產出大的現象，遭學界詬病的一般是投入大產出少的不經濟現象。如果一個學者獲得經費資助的級別不高，經費數量不多，甚至沒有經費資助，但也能產生同樣的甚至更大的效益，應該說這樣的學者創造性更強，貢獻更大，性價比更高，更應得到肯定。實際上不然，獲得項目本身就是莫大功勞，得到相關部門承認；有成果沒有課題資助的反而得不到承認，這會導致“重申報，輕結題”的不良現象。有的科技管理部門開始嘗試事后購買，實行“以獎勵代申請”制或“成果購買”制，這更有合理性，也有可操作性。
 
    六是科研項目的手段與目的倒置的矛盾。科研院所把申請的國家經費額度和級別作為考核科研人員工作業績的一項重要指標，也是研究機構參與各種競爭（如實驗室評估、重點學科設立、各類科技評獎活動等）的指標。科研基金被異化為政績，獲得資助的目的，不再是為科研，更多的是為了政績，獲得資助本身就是成功。科研工作不再是“研究科學的工作”，而變成了“研究如何申請經費的工作”。科研人員每天的工作目標不再是如何能夠取得良好的科研成果，而變成了如何取得科研經費。科研經費和論文數成為科技領域的GDP。
 
    七是科研產出評價中論文至上與忽視應用導向的矛盾。長期以來，科研人員的研究題目來自論文，產出也是論文，評價依據還是論文的“論文導向”得到各界廣泛認可。但是，以科研論文的數量作為科研工作的“產量”具有很大局限性，鼓勵紙上談兵，忽視專利、產品，造成“課題完成——驗收合格——獲得獎勵——束之高閣”的內部封閉循環。科研領域主導的專家基本上來自學術機構，往往以論文論英雄，這對提升我國的產業競爭力也不利。不少科技進步獎的產品并沒有占領市場，不少發明獎的專利無人問津，不少自然科學的論文沒有多少人引用。論文導向的跟蹤型研究應轉變到“問題導向”的原創性研究和“產品導向”的應用性研究。事關國家重大戰略需求的規劃專項，本是用來從事應用開發的，不能最后發幾篇論文交差結題。所有重大項目的結題，應嚴格審查是否具有實用性。鼓勵論文寫在“大地上”，鼓勵產學研結合，有助于真正確立以企業為主體的技術創新體系，進而克服科技經濟“兩張皮”的問題。
 
    八是科研管理上學術共同體弱勢與行政主導強勢之間的矛盾。中國科研投入主體和最終受益主體仍然是國家，但國家是抽象的，科技管理官員作為國家行政的代理人，如果沒有一定的制度約束，難以從國家利益出發考慮問題。如果人情大于規則，私利重于良知，那么科研資源配置往往不是憑業績（merit-based）分配而是憑關系（guanxi-based）分配，如果按權力和身份分配并獲取科技資源，科研人員就得熟悉并適應潛規則，有一雙 “隱形的翅膀”。科研人員的主業由科研轉向拉項目、搞關系。科技管理者、院士、學科評議組成員、資深教授等在研究課題設置和科研經費分配的過程中具有主導話語權。國家課題指南只能來自真正的“國家重大需求”，而不是基于自身利益的需求而自導自演：自己撰寫課題指南，自己申請項目，自己驗收成果。學界強烈不滿“小項目大審，大項目小審、超大項目不審”的現象。建立公開、透明的重大項目遴選機制，實現學術共同體的自治，對于哪些是最前沿最需要資助的，學者應該有一個共識，作出戰略性的科研方向判斷。應采用“競爭優勝體制”，真正按照科技項目的專業水平及其意義來進行競爭和選擇，使優勢課題勝出。
 
    九是科研經費使用中人本與物本的矛盾。科研經費使用中“見物不見人”，經費的90%左右，是用來購買儀器設備和支付材料費、會議費、出差費的；只有10%左右用于勞務費和專家咨詢費，勞務成本太低。造成購買了大量使用效率低下的設備，而作為生產力最活躍要素的“人”卻得不到相適應的補償。有的科研人員不得不采取種種手法套取科研經費。提高勞務費開支比例勢在必行。
 
    十是科研經費使用中剛性與彈性的矛盾。科研人員爭取到的每筆科研費用都要執行嚴格的預算制，在申請項目經費時就會明確各項經費的具體數目，只允許執行過程中有10%的微調。然而，許多項目的執行時間較長，加上科學研究的一些不可預見性，往往很難與預算時的情況相符。
 
    國家(jia)設立科(ke)(ke)(ke)研(yan)(yan)(yan)項目的(de)(de)出發點是讓科(ke)(ke)(ke)研(yan)(yan)(yan)人員多出成(cheng)果，出管用(yong)的(de)(de)成(cheng)果，必須進一(yi)步優(you)化(hua)科(ke)(ke)(ke)研(yan)(yan)(yan)經費(fei)管理(li)，充分發揮(hui)科(ke)(ke)(ke)研(yan)(yan)(yan)資金效益。在(zai)(zai)科(ke)(ke)(ke)研(yan)(yan)(yan)投(tou)入(ru)方向上(shang)(shang)(shang)，制(zhi)定(ding)科(ke)(ke)(ke)學(xue)規劃的(de)(de)同時(shi)，還(huan)要(yao)鼓勵自由(you)探索；在(zai)(zai)總體(ti)科(ke)(ke)(ke)研(yan)(yan)(yan)投(tou)入(ru)上(shang)(shang)(shang)，穩(wen)住并(bing)不(bu)斷增(zeng)加總量(liang)的(de)(de)同時(shi)，要(yao)優(you)化(hua)投(tou)入(ru)結構；在(zai)(zai)科(ke)(ke)(ke)研(yan)(yan)(yan)投(tou)入(ru)的(de)(de)對象上(shang)(shang)(shang)，有限集中，適(shi)度分散；在(zai)(zai)科(ke)(ke)(ke)研(yan)(yan)(yan)投(tou)入(ru)的(de)(de)效益上(shang)(shang)(shang)，注(zhu)重投(tou)入(ru)產出比；在(zai)(zai)科(ke)(ke)(ke)研(yan)(yan)(yan)產出的(de)(de)評價上(shang)(shang)(shang)，防止論文(wen)至上(shang)(shang)(shang)，注(zhu)意應(ying)用(yong)導向；在(zai)(zai)科(ke)(ke)(ke)研(yan)(yan)(yan)投(tou)入(ru)比例上(shang)(shang)(shang)，適(shi)度提(ti)高(gao)保(bao)障(zhang)性(xing)經費(fei)，降低(di)競爭性(xing)經費(fei)；在(zai)(zai)科(ke)(ke)(ke)研(yan)(yan)(yan)管理(li)上(shang)(shang)(shang)，突出學(xue)術共同體(ti)的(de)(de)作(zuo)用(yong)，強調行(xing)政系統的(de)(de)服(fu)務功能；在(zai)(zai)科(ke)(ke)(ke)研(yan)(yan)(yan)經費(fei)使(shi)用(yong)上(shang)(shang)(shang)，既見物又見人，去除(chu)剛性(xing)，增(zeng)大(da)彈性(xing)，更好地(di)服(fu)務于科(ke)(ke)(ke)研(yan)(yan)(yan)人員。